Es la capacidad que cualquier microorganismo - virus bacteria, parásito - puede desarrollar para hacerse invulnerable a los fármacos que se están tomando. En ese caso la medicación es ineficaz.

Durante el proceso de multiplicación del virus se producen errores, lo que se llaman mutaciones.

Algunas de estas nuevas mutaciones pueden dar nuevas capacidades al virus, como la ser resistente a unos fármacos determinados. Por eso es tan importante evitar la replicación del virus, para evitar la aparición de mutaciones y que estas sean resistentes. Se habla de dos tipos de resistencias, primaria cuando la persona se infecta de un virus ya resistente a determinados fármacos y secundaria cuando la resistencia se adquiere después de haberse infectado y recibiendo tratamiento. Existen pruebas para detectar las resistencias, que se llaman test de resistencias . Es importante hacer estos test cuando el tratamiento falla para determinar a qué fármaco se han desarrollado esas resistencias y elegir un nuevo tratamiento.

También es importante en el momento de iniciar un tratamiento antirretroviral para detectar si hay resistencias primarias. Cuando el tratamiento no está funcionando bien puede deberse a diversas causas: mal cumplimiento de las pautas del tratamiento, que el tratamiento no es eficaz en si mismo, poca o mala absorción, por ser una combinación poco eficaz, por interacción con otros fármacos o drogas, multiplicación de virus en lugares poco accesibles para los fármacos. Si se produce un fracaso terapéutico habrá que analizar sus causas para poder tomar decisiones sobre un nuevo tratamiento y que éste funcione evitando la replicación del virus.

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